Comme les autres animaux d'élevage, les poissons subissent des densités trop élevées dans les élevages piscicoles. Pour s'assurer un maximum de profits, les éleveurs entassent des milliers de poissons dans des bassins et les cages sous-marine. Ces élevages sous-marins sont surpeuplées, totalement nues, laissant les poissons sans autres occupations que de nager en rond sans fin. 

Lorsque des poissons sont entassés dans des élevages, ils peuvent comme les cochons ou les poulets, d'un faible niveau de bien-être. 

La qualité de l'eau est très importante pour le bien-être des poissons. Elle assure que les poissons ont un niveau d'oxygène suffisant pour respirer normalement, et pour réduire les risques de maladie. Les poissons font leurs excréments dans l'eau, et lorsqu'il y a trop de poissons dans un trop petit espace, il existe des risques de développement d'amoniaque. La mauvaise qualité de l'eau qui en découle impacte très fortement le bien-être des poissons. 

Les poissons ont également besoin de suffisamment d'espace pour nager et se comporter normalement. Les poissons ont besoin de pouvoir choisir où ils souhaitent nager, pour pouvoir trouver la meilleure température et lumière, ce qui est essentiel pour leur bien-être. Ceci n'est pas permis dans les bassins surpeuplés. Il a été démontré que les poissons peuvent souffrir de coup de soleil s'ils sont contraints de rester à la surface de l'eau. 

Les poissons reçoivent souvent des antibiotiques dans leur alimentation pour empêcher la propagation de diverses maladies qui peuvent survenir dans les conditions d'élevage intensif.

Les poissons sont conservés en si grand nombre qu'un diagnostic de maladie et un traitement individuel d'un poisson sont impossibles. Comme pour les animaux terrestres, il y a des problèmes lorsque les poissons reçoivent des aliments contenant des antibiotiques à titre préventif ou lorsque tous les animaux du groupe sont traités. Une telle utilisation d'antibiotiques implique que le poisson peut mieux survivre dans des conditions de surpeuplement et de saleté. Mais, les antibiotiques ne doivent pas remplacer un bon bien-être animal.

Lorsque des antibiotiques sont administrés aux poissons dans un environnement ouvert comme une cage marine, les antibiotiques s'échappent. Certaines études portant sur les sédiments sous les cages marines ont même trouvé des gènes résistants aux antibiotiques à plusieurs kilomètres des élevages. En général, plus les antibiotiques sont utilisés, plus les microbes peuvent devenir résistants. Cela risque de compromettre l'efficacité future des antibiotiques - même pour l'humain.

Les oiseaux, les phoques, les otaries, les morses et les loutres sont des prédateurs des poissons d'élevage dans les cages marines, les bassins terrestres ou les systèmes d'élevage en étang. Les dauphins et les poissons sauvages, tels que l'espadon et le thon rouge, sont des prédateurs des poissons d'élevage. Ces animaux peuvent endommager les filets, entraîner des échappées de poissons et manger les poissons.

Les éleveurs prennent souvent des mesures nuisibles ou mortelles pour contrôler ces prédateurs.

Certains élevages utilisent des outils appelés dispositifs de dissuasion acoustique (ADD) pour éloigner les mammifères aquatiques. Ces appareils utilisent des balayages et des tonalités à fréquence aléatoire pour perturber les animaux qui approchent. D'autres appareils utilisent la pression acoustique à une fréquence spécifique pour causer une gêne aux animaux s'ils se trouvent à proximité. Ces appareils peuvent endommager à long terme l'audition des phoques, des dauphins et des baleines qui nagent dans les environs des fermes. L'audition est un sens critique pour ces animaux, qui dépendent de leur audition pour naviguer, trouver de la nourriture et communiquer sous l'eau, de sorte que les résultats peuvent être dévastateurs.

Dans certains pays européens, les systèmes d'étangs ont des problèmes de prédation par les loutres et les castors. Les loutres et les castors sont alors souvent abattus malgré leur statut protégé.

Avant certaines procédures qui exigent que les poissons soient manipulés, comme le transport ou l'abattage, ils sont affamés pendant de longues périodes.

Dans certains cas, une suppression de la nourriture pendant 1 à 3 jours est jugée nécessaire pour ne pas nuire à la qualité du poisson pendant le transport. Par exemple, nettoyer l'intestin avant le transport signifie qu'il y a moins de déchets dans l'eau durant le transport, ce qui réduit le risque de gâter le poisson à cause d’une eau de mauvaise qualité.

Cependant, les poissons sont régulièrement affamés bien plus longtemps que nécessaire - parfois jusqu'à 2 semaines. Ceci afin d'augmenter les bénéfices en économisant de l'argent sur les aliments. Les poissons qui souffrent de la faim et de la frustration de ne pas pouvoir chercher de nourriture, peuvent alors devenir agressifs entre eux.

Les élevages intensifs sont des environnements complètement nus et très différentes des habitats naturels des poissons à l'état sauvage. Comme pour les autres animaux d'élevage, pour garantir le bien-être des poissons, il faut leur procurer un environnement similaire aux conditions naturelles et suffisamment complexe pour répondre à leurs besoins comportementaux et psychiques.

Les poissons peuvent souffrir d'ennui et de frustration. Les environnements nus limitent l'expression des comportements naturels, entraînant des impacts négatifs sur la santé physique et mentale des animaux, avec beaucoup d'ennui.

L'enrichissement de l'environnement implique une augmentation délibérée de la complexité environnementale pour améliorer le bien-être. Il existe un nombre croissant d'études montrant divers avantages de l'enrichissement pour le poisson sur le bien-être. L'enrichissement peut entraîner une réduction des interactions agressives, une réduction des maladies et des blessures, une amélioration des capacités cognitives et de l'exploration, une réduction de l'impact des facteurs de stress, une amélioration de la capacité de recherche de nourriture et une diminution de la déformation et de la mortalité des larves.

Les enrichissements qui permettent au poisson de contrôler son environnement peuvent inclure des abris (par exemple, des tuyaux ou des coquillages), changer la couleur du réservoir, des mangeoires à poisson auto-activées ou ajouter un couvercle sur le dessus pour créer une ombre. Il existe même des exemples de musique ayant un effet positif sur la croissance des poissons.

Nous faisons face à une crise de la surpêche.

L'élevage de poissons est responsable de la majorité de la pêche industrielle qui décime nos océans. De nombreuses espèces de poissons d'élevage, telles les truites et les saumons, chassent d'autres poissons lorsqu'elles sont en milieu sauvage. Afin de pouvoir élever ces poissons, il existe de la nourriture pour poissons faite à partir de poissons sauvages. A peu près un quart des poissons sauvages pêchés sont utilisés pour la nourriture à poissons. Soit, entre 450 milliards et 1 milliard de milliards de poissons. Il faut parfois jusqu'à 350 poissons sauvages pour élever un seul saumon d'élevage. Les poissons d'élevage accentuent la pression sur les stocks de poissons sauvages.

Dans la mesure où ces poissons sauvages ne sont pas non plus abattus de façon humaine, le coût en matière de bien-être de l'alimentation des poissons est énorme. 

La plupart des poissons sont pêchés par de gros navires industriels. Ils sont capturés par centaines, ce qui ne permet pas un abattage individualisé. Beaucoup sont écrasés dans les filets. Ceux qui survivent sont abandonnés à une mort par suffocation ou par une eviscération vivant. 

Les poissons sont des êtres sensibles qui peuvent ressentir la douleur et la peur. Une mort lente et douloureuse est donc une terrible épreuve pour eux. 

Des nombreux poissons d'élevage sont abattus avec des méthodes douloureuse, stressante et leur calvaire peut durer plusieurs heures. Certains sont abonnés à une mort par suffocation, dans les caissons glacés. 

Les poissons sauvages meurent également souvent dans des conditions lentes et difficiles. Les méthodes de capture peuvent provoquer la mort des poissons par écrasement, du changement de pression à la sortie de l'eau, ou en étant trainé sur le pont, un crochet dans la bouche, parfois pendant plusieurs heures. Ceux qui survivent à la pêche sont laissés suffocant sur le pont, ou sont eviscérés vivants.